Comienza su carrera como director con el multipremiado cortometraje de culto Mama. Gracias a los numerosos premios que consiguió, obtiene una beca para estudiar un Master de Dirección Cinematográfica en la New York University. En esta prestigiosa escuela de cine dirigió Truth and Beauty por el que estuvo nominado a los Emmy.

Pablo Berger ha sido profesor de dirección en New York Film Academy, centro para el que ha dirigido cursos en las universidades de Cambridge, Princeton, Yale, Sorbonne y La Fémis. 

Su opera prima, Torremolinos 73, fue la película revelación del 2003-04. Además de ser un gran éxito de taquilla, consiguió multitud de premios, nacionales e internacionales, entre los que destacan cuatro nominaciones a los Premios Goya (incluyendo Mejor Guion Original y  Mejor Director Novel) y cuatro premios en el Festival de Málaga (incluyendo Mejor película). 

Su segundo largometraje, Blancanieves, se presentó en el Festival de San Sebastián, donde obtuvo el Premio Especial del Jurado y Macarena García se alzó con la Concha de Plata a la Mejor Actriz. La cinta fue la gran ganadora de los Premios Goya 2013 con 10  estatuillas, incluyendo  las de Mejor Película y Guion Original.

La trayectoria internacional de esta película ha sido también muy exitosa obteniendo el Premio Ariel a la Mejor Película, y estando también nominada en los Premios César y en los Premios del Cine Europeo en la categoría de Mejor Película, compitiendo en estos últimos su director como mejor realizador.

En 2015, Pablo Berger es nombrado Caballero de las Artes y las Letras por el gobierno francés.

Su último filme Abracadabra se estrenó en el verano de 2017 y fue uno de los tres finalistas para representar a nuestro país en los Oscar. Pablo Berger fue nominado al Goya al Mejor Guion Original y la cinta tuvo otras 7 nominaciones en estos premios.

En 2018, Pablo Berger es invitado a ser miembro de la Academia de Hollywood.